Open Access Pathway Logic Papers and Figures

List of papers from Pathway Logic concerned with Phosphorylation experiments

June 2016

  1. Dry Run II Papers from MITRE

July 2015

  1. Two-Hop Ras BioPax Model

May 2015

  1. MINT + INTACT DATA

April 2015

  1. Open Access Pathway Logic Papers and Figures
  2. Extended Coprecipitation Frames v2

January 2015

  1. Coprecipitation Frames v2
  2. List of Experimental Motif Types + Definitions
  3. KEfED Database Construction

December 2014

  1. KEfED Modeling of Coprecipitation Ras Papers
  2. Initial Extraction Study of Results-Based Epistemics

October 2014

  1. Pathway Logic Experiment Types
  2. Building a Database of Observations from Result Text
  3. Deploying the BioScholar System
  4. Reading Against a Model of Experimental Evidence

August 2014

  1. Developing NL Annotations for KEfED Elements
  2. Epistemics and Fragments
  3. Generating the Big Mechanisms Evaluation Corpus
  4. A Generative Story for Scientific Text from Experimental Data

List of Papers + Figures (179 experiments)

PMID FIG
2106566 -Fig-1
2106566 -Fig-3
7528775 -Fig-2a
7528775 -Fig-2b
7528775 -Fig-2c
7528775 -Fig-2d
7528775 -Fig-3a
7528775 -Fig-3b
7528775 -Fig-4
7722452 -Fig-2a
7722452 -Fig-2b
8376945 -Fig-1a
8376945 -Fig-3a
8376945 -Fig-3b
8376945 -Fig-4a
8376945 -Fig-4b
9625770 -Fig-4a
10790433 -Fig-9a
10871282 -Fig-3b
10871282 -Fig-6c
11238593 []
11448999 -Fig-7a
11483158 -Fig-1
11483158 -Fig-2
11777939 -Fig-4b
11777939 -Fig-8b
11777939 -Fig-8d
11864996 -Fig-6
12356868 -Fig-1
12515821 -Fig-S1c
12654898 -Fig-3a
12654898 -Fig-3b
12654898 -Fig-3b,3f
12654898 -Fig-3c
12654898 -Fig-5a
12654898 -Fig-5b
12876277 -Fig-10a
12876277 -Fig-1a
12876277 -Fig-2a
12876277 -Fig-3a
12876277 -Fig-3b
12876277 -Fig-4a
12876277 -Fig-4b
12876277 -Fig-5
12876277 -Fig-6a
12876277 -Fig-6b
12876277 -Fig-7a
12876277 -Fig-7b
14557412 -Fig-2a
14557412 -Fig-2b
14557412 -Fig-2c
14557412 -Fig-2d
14557412 -Fig-2e
14557412 -Fig-2f
14557412 -Fig-2g
14557412 -Fig-2h
15210742 -Fig-3b
15210742 -Fig-4d
15210742 -Fig-6c
15210742 []
15210743 -Fig-1b
15210743 -Fig-2b
15314656 -Fig-2c
15314656 -Fig-3a
15320955 -Fig-2a
15320955 -Fig-2b
15320955 -Fig-4a
15337778 -Fig-2a
15337778 -Fig-2b
15767370 -Fig-2b
15767370 -Fig-5b
16461339 -Fig-1a
16461339 -Fig-1b
16461339 -Fig-1c
16461339 -Fig-1d
16461339 -Fig-S2
16618811 -Fig-7a
16717130 -Fig-1a
16717130 -Fig-1b
16717130 -Fig-1c
16848641 []
16984645 -Fig-4a
16984645 -Fig-4b
16984645 -Fig-4c
16984645 -Fig-4d
16984645 -Fig-5
17101693 []
17276402 []
17470642 -Fig-6a
17470642 -Fig-6b
17470642 -Fig-6e
18411307 -Fig-4a
18583988 -Fig-2a
18583988 -Fig-2c
18604198 -Fig-2a
18604198 -Fig-2b
18604198 -Fig-2c
18604198 -Fig-3a
18604198 -Fig-3b
18604198 -Fig-3c
18604198 -Fig-5a
18604198 -Fig-5b
18604198 -Fig-5c
18604198 -Fig-5d
18604198 -Fig-S2a
18604198 -Fig-S2b
18604198 -Fig-S4
19050761 -Fig-1a
19050761 -Fig-3e
19050761 -Fig-3f
19050761 -Fig-3g
19050761 -Fig-5n
19112497 -Fig-2d
19112497 -Fig-3d
19112497 -Fig-3e
19112497 -Fig-4a
19112497 -Fig-6a
19112497 -Fig-S3
19112497 -Fig-S4
19234442 -Fig-3a
19234442 -Fig-4a
19234442 -Fig-4c
19234442 -Fig-4d
19234442 -Fig-5a
19234442 -Fig-S6
19234442 -Fig-S7
19234442 -Fig-S8
19274086 -Fig-1a
19274086 -Fig-1b
19274086 -Fig-1c
19274086 -Fig-1d
19274086 -Fig-2a
19274086 -Fig-2b
19274086 -Fig-3a
19274086 -Fig-3b
19274086 -Fig-3c
19274086 -Fig-3d
19274086 -Fig-3e
19274086 -Fig-4a
19274086 -Fig-4b
19675569 -Fig-1b
19675569 -Fig-1c
19675569 -Fig-2a
19675569 -Fig-3d
19675569 -Fig-4c
19675569 -Fig-S10c
19675569 -Fig-S5b
19675569 -Fig-S6b
19675569 -Fig-S7b
19675569 -Fig-S8b
19675569 -Fig-S9c
19783983 -Fig-1b
19783983 -Fig-2b
19783983 -Fig-4b
19783983 -Fig-4d
19783983 -Fig-4e
19783983 -Fig-5e
19783983 -Fig-S2b
19783983 -Fig-S8
19953085 -Fig-S2
20026654 -Fig-3
20026654 -Fig-4a
20026654 -Fig-4b
20026654 -Fig-7a
20053679 -Fig-1a
20053679 -Fig-1c
20053679 -Fig-1e
20053679 -Fig-1g
20053679 -Fig-2a
20053679 -Fig-2c
21629263 -Fig-2a
21629263 -Fig-4a
21629263 -Fig-5b
21629263 -Fig-5c
21629263 -Fig-5f
22833096 -Fig-2f
22833096 -Fig-2g
22833096 -Fig-S2
23142775 -Fig-5c

List of Papers (46 Papers)